MATLAB Toolbox for Functional Connectivity

ResearchBlogging.org    今天NeuroImage刚in press 的一篇文章 (doi),介绍了一个新的研究fMRI数据功能连通性 (functional connectivity)的工具箱 (MATLAB Toolbox for Functional Connectivity)。

    初步的扫了一下文章,这个工具箱针对的是已经定义好的若干区域之间的functional connectivity,不能做voxel-wise的分析,也不关注时间序列和其他因素的交互作用 (比如PPI)。不过在计算几个区域间functional connectivity的时候提供了很多种方法。对于整个时间序列,可以计算cross-correlation, cross-coherence, mutual information。而对于多于两个区域,还可以计算偏Partial cross-correlation/coherence/mutual information。对于事件相关序列,可以计算trial-by-trial的相关。对于有实验设计的fMRI序列,直接做correlation实际上意义不大。文章也提到了可以用残差序列或者低频滤波之后 (滤掉实验设计相关成分)的序列再进行functional connectivity分析。文章中还对各种方法进行了比较,有空要好好研究一下。

工具箱地址:http://groups.google.com/group/fc-toolbox

Zhou, D., Thompson, W., & Siegle, G. (2009). MATLAB toolbox for functional connectivity NeuroImage, 47 (4), 1590-1607 DOI: 10.1016/j.neuroimage.2009.05.089

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