MRI数据分析软件

software    磁共振数据分析软件有很多。早期很多实验室都有自己的in house软件。但后来每一个预处理和处理过程的算法越来越复杂，研究者就越来越多的使用主流的软件包，比如SPM, AFNI, FSL，以及现在越来越流行的FreeSurfer。
    对于分析软件，每个实验室都有自己的偏好。水滴上也经常有人争论哪一个软件好。其实软件的"好"与“不好”主要是取决于自己的需求。我这里只想用数字说明一下各种软件的流行度。
    我用的方法是在Google scholar里搜索相应软件名称。关键字是"软件名+fMRI"以及"软件名+MRI"。上图是各种关键字返回文章数量的结果。可见SPM还是占统治地位的。使用AFNI的文章数量甚至还没有FSL多。而2001年才出现的FreeSurfer也有了2000+的文章。
    另外，MRI与fMRI结果相差的部分可能主要是做结构像MRI或者DTI的文章。用SPM有大量做VBM的研究，用FSL貌似有很好的DTI工具，而FreeSurfer主要的功能就是越来越流行的皮层展开和皮层厚度的计算。AFNI没有这部分功能？

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